Penentuan Jenis dan Status Konservasi Pari Layang-Layang yang Didaratkan Di TPI Gunung Lingkas Kota Tarakan Dengan Pendekatan Molekuler

Authors

  • Syamsidar Gaffar Universitas Borneo Tarakan
  • Sumarlin Sumarlin
  • M. Gandri Haryono
  • Harisna Pidar

DOI:

https://doi.org/10.21776/ub.biotropika.2021.009.01.09

Abstract

Pari yang diperdagangkan di Tempat Penampungan Ikan (TPI) Tarakan perlu diketahui jenisnya. Hal ini merupakan langkah awal agar jenis pari yang tergolong dilindungi atau populasinya telah berkurang di alam dapat dihindari untuk diperdagangkan. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengungkap spesies pari layang-layang yang diperdagangkan dari TPI Gunung Lingkas, Tarakan, Kalimantan Utara, dengan menggunakan metode pengidentifikasian secara molekuler (DNA barcoding) dan menentukan status konservasinya. Berdasarkan hasil BLAST, sampel teridentifikasi memiliki kemiripan 99,80% dengan spesies Aetoplatea zonura isolate GZON2. Hasil BOLD-IDS juga memberikan persentase kemiripan sebesar 99,8% dengan spesies Gymnura zonura (sinonim A. zonura). Nilai kemiripan >98% menjelaskan bahwa homologi sekuen berada pada tingkat spesies sehingga sampel yang diidentifikasi merupakan G. zonura. Hasil analisis filogenetik dengan menggunakan tiga metode analisis yaitu NJ, ML, dan ME menempatkan sampel ray-T2, G. zonura, dan G. cf zonura konsisten berada pada kelompok yang sama (monofiletik). Artinya, sampel ray-T2 berkerabat dekat dengan G. zonura. Status konservasi G. zonura terkategori vulnerable (vu) di laman IUCN yang berarti spesies ini sedang menghadapi risiko kepunahan di alam sedangkan status pada CITES masih dalam posisi belum terevaluasi.

References

Cedrola PV, González AM, Chiaramonte GE, Pettovello AD (2012) Bycatch of sharks (Elasmobranchii) in the Patagonian red shrimp Pleoticus muelleri (Bate, 1888) fishery. Rev. del Mus. Argentino Ciencias Nat. Nueva Ser. 14: 349–356.

Dulvy NK, Fowler SL, Musick JA, Cavanagh RD, Kyne PM, Harrison LR, Carlson JK, Davidson LNK, Fordham SV, Francis MP, Pollock CM, Simpfendorfer CA, Burgess GH, Carpenter KE, Compagno LJV, Ebert DA, Gibson C, Heupel MR, Livingstone SR, Sanciangco JC, Stevens JD, Valenti S, White WT (2014) Extinction risk and conservation of the world’s sharks and rays. Elife 3: 1–34.

Graham RT, Witt MJ, Castellanos DW, Remolina F, Maxwell S, Godley BJ, Hawkes LA (2012) Satellite tracking of manta rays highlights challenges to their conservation. PLoS One 7 (5): e36834.

White WT, Last PR (2012) A review of the taxonomy of chondrichthyan fishes: A modern perspective. J. Fish Biol. 80: 901– 917.

Veríssimo A, Cotton CF, Buch RH, Guallart J, Burgess GH (2014) Species diversity of the deep-water gulper sharks (Squaliformes: Centrophoridae: Centrophorus) in North Atlantic waters - current status and taxonomic issues. Zool. J. Linn. Soc. 172: 803–830.

Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, DeWaard JR (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proc. R. Soc. B Biol. Sci. 270: 313–321.

Hebert PDN, Penton EH, Burns JM, Janzen DH, Hallwachs W (2004) Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101: 14812–14817.

Hubert N, Hanner R, Holm E, Mandrak NE, Taylor E, Burridge M, Watkinson D, Dumont P, Curry A, Bentzen P, Zhang J, April J, Bernatchez L (2008) Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes. PLoS ONE 3(6): e2490.

Ward RD, Holmes BH, White WT, Last PR (2008) DNA barcoding Australasian chondrichthyans: Results and potential uses in conservation. Mar. Freshw. Res. 59: 57–71.

Ruocco NL, Lucifora LO, Astarloa JMD. De Mabragaña E, Delpiani SM (2012) Morphology and DNA barcoding reveal a new species of eagle ray from the Southwestern Atlantic. Zool. Stud. 51: 862–873.

Madduppa H, Ayuningtyas RU, Subhan B, Arafat DP (2016) Exploited but Unevaluated: DNA barcoding reveals skates and stingrays (Chordata, Chondrichthyes) species landed in the Indonesian Fish Market. ILMU Kelaut. Indones. J. Mar. Sci. 21: 77.

Zymo Research D. Quick - DNA TM Tissue / Insect Miniprep Kit. 0–4.

Sulistiowati S, Madduppa H (2020) Identifikasi Scatophagus argus yang dipasarkan di Jakarta berdasarkan analisis morfologi dan DNA barcoding. J. Kelaut. Trop. 23: 373–380.

Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K (2018) MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 35: 1547–1549.

Gaffar S, Sumarlin S (2020) Analisis sekuen mtDNA COI Pari Totol Biru yang didaratkan di Tempat Pendaratan Ikan Kota Tarakan. J. Harpodon Borneo 13: 80– 89.

Tindi M, Mamangkey NGF, Wullur S (2017) The DNA barcode and molecular phylogenetic analysis several Bivalve species from North Sulawesi Waters based on COI gene. J. Pesisir dan Laut Trop. 1 (2): 32–38.

Bhattacharjee MJ, Laskar BA, Dhar B, Ghosh SK (2012) Identification and reevaluation of freshwater catfishes through DNA barcoding. PLoS One 7: e49950.

Saitou N, Nei M (1987) The neighborjoining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4: 406–425.

Felsenstein J (1985) Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution (N.Y) 39: 783.

Kimura MA (1980) Simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J. Mol. Evol. 16: 111–120.

Rzhetsky A, Nei MA (1992) Simple method for estimating and testing minimum-evolution trees. Mol. Biol. Evol. 9: 945–967.

Nei M, Kumar S (2000) Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press. Oxford.

Ude GN, Igwe DO, Brown C, Jackson M, Bangura A, Ozokonkwo-Alor O, Ihearahu OC, Chosen O, Okoro M, Ene C, Chieze V, Unachukwu M, Onyia C, Acquaah G, Ogbonna J, Das A (2020) DNA barcoding for identification of fish species from freshwater in Enugu and Anambra States of Nigeria. Conserv. Genet. Resour. 12: 643–658.

Sumarlin S, Yovilan Moq C, Gaffar S, Haryono MG (2020) Amplifikasi gene mtDNA CO1 Muraenesocidae dari perairan Kota Tarakan dengan teknik PCR. J. Harpodon Borneo 13 (2): 54-60.

Downloads

Published

2021-04-30

Issue

Section

Articles