Konstruksi Protein Transcription Activator-Like Effector (TALE) 1 dan 2 dengan Target Sekuen DNA strain HPV Tipe 16 dan 18

Agatha Mia Puspitasari, Nashi Widodo

Abstract


Kanker serviks dapat disebabkan oleh infeksi virus HPV tipe 16 dan 18 namun dapat dihindari dengan melakukan deteksi awal atau screening pada wanita. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain protein Transcription Activator-Like Effector (TALE) sebagai detektor dari HPV 16 dan 18 dengan cara mencari sekuen target DNA HPV 16 dan 18 beserta konstruksi protein TALE tersebut. Metode yang dilakukan adalah analisa sekuen target HPV 16 dan 18 dengan software MEGA, konstruksi protein TALE pada plasmid pSB1C3, PCR, Golden Gate Cloning, dan elektroforesis. TALE yang dikonstruksi adalah 2 macam protein TALE, yaitu TALE 1 dan TALE 2, yang memiliki susunan basa DNA yang berbeda. Konstruksi TALE dilakukan dengan Golden Gate Cloning menggunakan GATE Assembly Kit. Sekuen target DNA diperoleh dari hasil alignment software MEGA yang terdiri dari 14 bp pada masing-masing TALE dengan Timin (T) pada ujung-ujung sekuen. Kemudian konstruksi TALE diperoleh dari tim Freiburg yang memiliki 6 bagian yang dapat mengkode protein TALE. Hasil yang didapatkan dari konstruksi adalah pita DNA sebesar 3kbp pada gel agarosa melalui elektroforesis.

 

Kata kunci: HPV 16,  HPV 18,  kloning, TALE 1, TALE 2


Full Text:

PDF

References


Sherris, Jacqueline, Cristina Herdman, dan Christopher Elias. 2001. Beyond Our Borders: Cervical Cancer in the developing world. West J Med 175:231-233.

Singh S, Badaya S .2012. Factors Influencing uptake of Cervical Cancer Screening among Women in India: A Hospital based Pilot Study. J Community Med Health Educ 2:157.

Scott, James N. F., Adam P. Kupinski, dan Joan Boyes. 2014. Targeted genome regulation and modification using transcription activator-like effectors. FEBS Journal 281: 4583-4597.

Boch J., Bonas U. 2010. Xanthomonas AvrBs3 family-type III effectors: discovery and function. Annu Rev Phytopathol; 48:419–436.

Kay S, Hahn S, Marois E, Wieduwild R, Bonas U. 2009. Detailed analysis of the DNA recognition motifs of the Xanthomonas type III effectors AvrBs3 and AvrBs3Deltarep16. Plant J. 59:859–871.

Gau J, Wolf A, Reschke M, Bonas U, Posch S, et al. 2013. Computational Predictions Provide Insights into the Biology of TAL Effector Target Sites. PloS Comput Biol 9(3): e1002962.

Boch J., Heidi Scholze, Sebastian Scchornack, Angelika Landgaf, Simone Hahn, Sabine Kay, Thomas Lahaye, Anja Nickstadt, Ulla Bonas. 2009. Breaking the Code of DNA Binding Specificity of TAL-Type III Effectors. Science 326, 1509.

Werner Stefan, Carola Engler, Ernst Weber, Ramona Guetzner & Sylvestre Marillonnet. 2012. Fast track assembly of multigene constructs using Golden Gate cloning and the MoClo system, Bioengineered, 3:1, 38-43.


Refbacks

  • There are currently no refbacks.